Do mobiliário da época Joanina pouco resta pois, quando da ida da Corte para o Brasil na época das Invasões Francesas, grande parte do mobiliário, tapeçarias e obras de arte foram embaladas e transportadas nas naus que rumaram à colónia de onde não regressaram.

Assim, os ambientes palacianos hoje existentes são essencialmente do século XIX, bastante ecléticos, predominando o estilo Império e o mobiliário romântico.

No Paço Real, destacam-se uma cama de aparato Império, em mogno e com bronzes de cinzelamento perfeito, com as respectivas mesas de cabeceira, atribuída a Pierre Bartholomé Déjante (cerca de 1843) e adquirida pela Rainha D. Maria II, três cadeiras profusamente entalhadas em pau-santo utilizadas pela Família Real na inauguração da estátua equestre de D. José I (1775) e, ainda, uma credência entalhada e dourada assinada por José Aniceto Raposo (1756-1824), notável entalhador e inventor.

Quanto ao mobiliário conventual, consiste essencialmente em camas, bancos, mesas e estantes pertencentes às celas fradescas, e que foram posteriormente utilizados pela Corte após a extinção das Ordens Religiosas.
Destacam-se três estantes para Cantochão do mestre entalhador da Casa das Obras e Paços Reais António Ângelo, encomenda de D. João VI para o Coro do Convento da Basílica e um mostrador da antiga botica, um dos poucos exemplares do século XVIII existentes em Portugal.

Cama Império, Pierre Bartholomé Déjante, século XIX

Credência, António Ângelo, século XVIII

Cadeira de braços da inauguração da estátua equestre, 1775