A colecção de pintura abrange Mestres da Escola Italiana da 1ª metade do século XVIII, com telas que pertenciam aos altares da Basílica e às principais salas do Convento.

Estão representados vários nomes importantes, como Agostino Masucci (1691-1758), com uma “Sagrada Família”, tela predilecta do rei D. João V.

Também Sebastiano Conca (1680-1764) com a tela “Imaculada Conceição”, tema de particular devoção da ordem fransciscana.

E ainda obras de Francesco Trevisani, Corrado Giaquinto, Giovanni Odazzi, Emanuel Alfani ou Pietro Bianchi e os portugueses André Gonçalves, Oliveira Bernardes e Vieira Lusitano, bolseiros do Rei D. João V na Academia de Portugal em Roma.

Mafra tornou-se o maior centro difusor do gosto romano da época, quer pela quantidade de obras, quer pela diversidade de artistas que para aqui trabalharam.

A colecção integra ainda pintores portugueses do século XIX, como António Manuel da Fonseca (1796 – 1890), com o quadroEneias Salvando seu Pai Anquises do Incêndio de Tróia de 1855, adquirido por D. Fernando II e elogiado pelo seu classicismo ou ainda obras de Silva Porto, Carlos Reis ou João Vaz, pertencentes à colecção pessoal de D. Fernando II, D. Luís e D. Carlos.

De destacar, ainda, as marinhas executadas pelo rei D. Carlos e um retrato do último rei de Portugal, D. Manuel II, pintado por José Malhoa em 1908 quando da sua subida ao trono.

Retrato de D. Manuel II José Malhoa 1908

Imaculada Conceição Sebastiano Conca c. 1730	Sagrada Família Agostino Masucci c. 1729