Antes da extinção das ordens religiosas (1834) existiam no convento várias dependências destinadas à preparação e armazenamento dos medicamentos. Alguns dos instrumentos e utensílios utilizados estão aqui expostos.
No século XVIII,  os medicamentos eram preparados na Casa do Fogo, verdadeiro laboratório farmacêutico ao tempo, seguindo possivelmente a Pharmacopea Lusitana, da autoria de D. Caetano de Santo António, cónego regrante de Santo Agostinho, datada de 1704, ou a Pharmacopea Tubalense Chimico-Galenica, publicada em 1735, ambas obras de referência na farmacopeia da época e existentes na Biblioteca de Mafra.
Eram utilizadas ervas e raízes provenientes da horta conventual. Abóbora, erva doce, hortelã, sementes de melão, vinagre, cera, resina, açúcar e mel, pesados e moídos nos almofarizes pelo frade-boticário e guardados em mangas e boiões de cerâmica.
Os medicamentos eram preparados Na cozinha da enfermaria e no convento usava-se louça de faiança branca vidrada com a inscrição MAFRA.
                                                                                                                      (IYO/GC)Botica
Botica

Instrumentos de Botica
Instrumentos de Botica

Armário de Botica
Armário de Botica

Louça
Louça  de Faiança Branca com inscrição MAFRA